醫療設施污水來源及成分復雜，含有病原性微生物、有毒、有害的物理化學污染物和放射性污染等，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫病擴散的重要途徑和嚴重污染環境。

　　工藝選擇原則：

　　①傳染病醫療設施應采用二級處理或深度處理工藝，并需進行預消毒處理。

　　②處理出水排入自然水體的醫療設施應采用二級處理或深度處理工藝。

　　③處理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫療設施推薦采用二級處理，對采用一級處理工藝的應加強處理效果。

　　(1)一級強化處理工藝

　　(2)二級生化處理工藝

　　(3)深度處理工藝

　　3.1 二級生化+砂濾+炭濾深度處理工藝

　　3.2 MBR膜生物反應器深度處理工藝